随着高通量测序的发展,越来越多的物种被测序。无参转录组是指在没有参考基因组的情况下,对真核生物的转录组进行测序,然后从头组装转录组(de novo transcriptome),进行unigene的表达,差异和功能注释等分析,为深入研究该物种提供研究方向和思路。由于绝大部分已知物种是没有参考基因组的
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CUT&Tag(Cleavage Under Targets and Tagmentation),是一种新兴的蛋白质-DNA互作研究方法。它利用带有protein A-Tn5转座酶的特异性抗体与目标蛋白(例如,转录因子)原位结合,转座酶激活后,切割目标蛋白周围的DNA,并连接测序结头,产生测
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piRNA(PIWI-interacting RNA),是一类长约25-33 nt的非编码小RNA,它们通过与PIWI蛋白相互作用而发挥作用,在动物生殖细胞发育分化中发挥着重要作用。piRNA通过和PIW蛋白结合,与转座子互补配对,以阻止转座子表达。此外,PIWI蛋白也可能充当致癌因子或抑癌因子。p
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ChIP-seq(Chromatin immunoprecipitation followed by sequencing)使用抗体富集的方法在基因组范围内检测多种蛋白(例如转录因子CTCF)和其他染色质相关蛋白(例如H3K4me3)与DNA的相互作用。ChIP-seq用于研究表观基因组如何促进细胞
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LncRNA是一类长度大于200 nt的非编码RNA,通常认为它们并不编码蛋白质,而是以RNA的形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)参与mRNA基因的调控。作为新型疾病诊断和预后biomarker,越来越多研究者开始关注lncRNA,lncRNA在国自然中的资助也呈逐年上升趋势
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全转录组是指细胞转录出来的所有RNA,包括mRNA和非编码RNA。通常我们所说的全转录组测序通常包括对mRNA、lncRNA、circRNA和miRNA的测序。每种RNA分子可以单独分析,也可以联合分析,以更加全面地解析这些RNA分子的表达、差异,调控网络。由于测序成本的降低,越来越多的研究者开始选
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mRNA是由DNA的一条链作为模板转录,携带遗传信息,并能指导蛋白质合成的一类单链RNA。随着增强核酸稳定性和递送系统等技术的发展,越来越多的mRNA技术产品从临床试验走向应用,应用范围也不断拓展。 mRNA测序使用oligo d(T)富集方法结合高通量测序研究mRNA的表达和调控,是几乎所有研究的
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circRNA是通过外显子反式剪接(back splicing)形成的一类共价闭合环状RNA,广泛存在于哺乳动物细胞中。circRNA能够抵抗RNA外切酶降解,因此比线性RNA更稳定。它们可以通过(1)竞争结合miRNA充当miRNA海绵,降低miRNA介导的基因表达调控的影响;(2)充当蛋白质海绵
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