全基因组重测序(Resequencing)是对基因组序列已知物种进行不同个体间的基因组测序，并在此基础上对个体或群体水平进行差异性分析。通过全基因组重测序，可以全面的挖掘基因序列差异和结构变异。
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Illumina公司的Solexa高通量基因组测序仪，测序平均读长已经从一开始的25bp扩展到目前75-100bp，运行一个run(一个run有八个通道)多可以获取50G的碱基数据量，每个样品提供大约2000万个序列标签，超过了过去一台Megabace测序仪近千倍的工作量，并且大大降低了成本。
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