microRNA（miRNAs）是一类内源性的非编码小RNA，在植物的多种生理过程中发挥重要调控作用，包括代谢，激素反应，转座子的表观遗传控制，胁迫应答。在模式植物如水稻和拟南芥中已进行了广泛的miRNA研究。在玉米中，胁迫应答相关miRNA和其靶基因的研究也已开展过很多。然而，关于miRNA参与调控玉米穗发育的报道却很少。为此，由四川农业大学潘光堂教授和张志明副教授领衔的团队联合应用高通量测序和芯片技术对玉米多个花序发育阶段的miRNA及其靶基因进行了系统鉴定和分析*，研究成果发表在近期的BMC Genomics上。
研究人员使用深度测序，miRNA微阵列芯片（由联川生物提供技术服务），以及生物信息学方法鉴定和分析了玉米在四个穗发育阶段中的保守和新的miRNA，发现了22个保守的和21个玉米特异的miRNA家族以及相应的miRNA*。通过比较上述发育阶段的miRNA表达谱，发现18个差异表达的miRNA家族。此外，研究人员采用降解组测序鉴定出102个小RNAs，包括98个miRNAs和4个ta-siRNA，靶向调控的141个基因（251个转录本）。研究人员重点探讨了差异表达miRNA介导的调控玉米穗发育的通路。在鉴定到的靶基因中，62个差异表达miRNA调控的72个基因（117个转录本）可能参与玉米发育。
上述研究发现和表征的玉米中重要的调控基因将帮助我们更好地理解控制穗发育的分子机制。
*Liu H, Qin C, Chen Z, Zuo T, Yang X, Zhou H, Xu M, Cao S, Shen Y, Lin H, He X, Zhang Y, Li L, Ding H, Lübberstedt T, Zhang Z, Pan G. Identification of miRNAs and their target genes in developing maize ears by combined small RNA and degradome sequencing. (2014) BMC Genomics 15-25 [article]
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